Organe des ZdK sind die Vollversammlung, der Hauptausschuss, das Präsidium und die Präsidentin.

Die Vollversammlung kommt zweimal im Jahr, im Frühjahr und Herbst, zwei Tage lang zusammen. Sie gibt die Richtlinien für die Arbeit des Zentralkomitees und führt die wichtigsten Wahlen durch.

Etwa alle sechs Wochen tagt der Hauptausschuss. Er umfasst 35 von der Vollversammlung gewählte Personen und hat die Aufgabe, die Arbeit des Zentralkomitees zwischen den Vollversammlungen zu koordinieren.

Für die vom Zentralkomitee bearbeiteten Sachgebiete sind Sprecherinnen und Sprecher verantwortlich, die in ihrem jeweiligen Sachbereich nach Anforderung mit Arbeitsgruppen und -kreisen zusammenarbeiten. Sie werden von der Vollversammlung gewählt und sind Mitglieder des Hauptausschusses. Für die Dialoge mit dem Judentum und dem Islam hat das Präsidium Gesprächskreise berufen.

An der Spitze des Zentralkomitees stehen ein Präsident bzw. eine Präsidentin und vier Vizepräsidenten. Ebenfalls Mitglied des Präsidiums sind der von der Deutschen Bischofskonferenz bestellte Geistliche Assistent und der Generalsekretär.

Wenigstens zweimal im Jahr tritt die Gemeinsame Konferenz zusammen. Diesem Gremium gehören Vertreter der Deutschen Bischofskonferenz und zehn Vertreter des ZdK an. Es dient der Beratung und Koordination von Fragen, die die Kirche in Deutschland betreffen.

Die organisatorische Arbeit des ZdK wird im Generalsekretariat geleistet, es hat seinen Sitz in Bonn-Bad Godesberg.

Die Vollversammlung des Zentralkomitees der deutschen Katholiken (ZdK) hat rund 230 Mitglieder. 97 Mitglieder werden von der Arbeitsgemeinschaft der katholischen Organisationen Deutschlands (AGKOD) gewählt, 84 Mitglieder kommen aus den Diözesanräten, 45 Mitglieder werden als Einzelpersönlichkeit hinzugewählt.

Unter der Leitung des Generalsekretärs hat das Generalsekretariat die Aufgabe, für die Ausführung der Beschlüsse der Organe des ZdK Sorge zu tragen und die laufenden Geschäfte abzuwickeln.

In der Arbeitsgemeinschaft der katholischen Organisationen Deutschlands (AGKOD) sind rund 125 katholische Verbände, Geistliche Gemeinschaften und Bewegungen, Säkularinstitute sowie Aktionen, Sachverbände, Berufsverbände und Initiativen zusammengeschlossen, die auf überdiözesaner Ebene tätig sind. Die in der Arbeitsgemeinschaft zusammengeschlossenen Organisationen stehen für rund 6 Millionen Mitglieder.

Der Diözesanrat ist ein Zusammenschluss von Laien in einer Diözese. Er hat die Aufgabe, die Kräfte des Laienapostolates im Bistum zu fördern und zu koordinieren, eigenverantwortlich in gesellschaftliche Bereiche hineinzuwirken und mit eigener Stimme am Wirken der Kirche in Gesellschaft und Welt mitzuarbeiten. Seine Mitglieder kommen aus den Dekanats- und Pfarrgemeinderäten, aber auch aus den Verbänden, Organisationen und Initiativen in einem Bistum.

In der Gemeinsamen Konferenz kommen zwei mal im Jahr Vertreter der Deutschen Bischofskonferenz und des Zentralkomitees der deutschen Katholiken (ZdK) zusammen, um über Themen und Aufgaben zu beraten, die sich beiden Gremien gemeinsam stellen. Ihr gehören zehn Bischöfe und zehn Laienvertreter an.