Unter anderem auf einen Anstoß aus der Vollversammlung hin ergriff 1999 das Präsidium des ZdK die Initiative, ähnlich dem seit 1971 bestehenden Gesprächskreis "Juden und Christen" einen Gesprächskreis "Christen und Muslime" beim ZdK einzurichten. Die vom Präsidium berufenen Mitglieder kamen am 6. Juni 2000 zur konstituierenden und damit ersten gemeinsamen Sitzung im Generalsekretariat des ZdK in der Hochkreuzallee in Bonn-Bad Godesberg unter dem Vorsitz von Gabriele Erpenbeck,die den Gesprächskreis bis 2021 leitete.

Das Zweite Vatikanische Konzil hat in seiner Erklärung über das Verhältnis der Kirche zu den nichtchristlichen Religionen "Nostra Aetate" die Erneuerung der Beziehungen zwischen Christen und Muslimen angestoßen. Mit der Einrichtung eines Gesprächskreises "Christen und Muslime" gab das ZdK auch eine notwendige Antwort auf die weiteren gesellschaftlichen Veränderungen, die Entwicklung Deutschlands hin zu einer multireligiösen Gesellschaft, insbesondere die zunehmende Präsenz des Islam, der sich Staat und Kirche zu stellen haben.

Der Gesprächskreis versteht sich nicht zuvorderst als Plattform für die Diskussion theologischer Fragestellungen, wenngleich die Vergewisserung der jeweiligen theologischen Positionen für die Arbeit im Gesprächskreis grundlegend ist. Der Gesprächskreis sieht seine Aufgabe vielmehr im Dialog zwischen Christen und Muslimen und in der Erarbeitung gemeinsamer Stellungnahmen zu konkreten gesellschaftspolitischen Feldern und praktischen Fragen des alltäglichen Zusammenlebens von Christen und Muslimen. Herausarbeiten möchte der Gesprächskreis insbesondere gemeinsame Interessen und Verantwortung von Christen und Muslimen in unserer Gesellschaft.

Darüber hinaus bringt sich der Gesprächskreis immer wieder in die laufende Arbeit der ZdK-Gremien – insbesondere Hauptausschuss und Vollversammlung – ein. Seit 2021 leitet Prof.in Anja Middelbeck-Varwick den Gesprächskreis.